Flere kapeller ble bygget nord for kirken midt på 1300-tallet; blant annet St. George kapell, som lå der hvor nordhallen ligger nå, og Den lille kapell, som var koblet opp med den nordlige gangen via to høye, buede ganger. St Matthews kapell ble reist på sørsiden av tårnet.
Kirken ble rekonstruert grundigere midt på 1400-tallet. Etter byggearbeidet fra 1405 til 1420 ble koret og gangene slik som vi kjenner de igjen i dag.
St. Nicholas var en av byens vakreste og mest forbløffende kirker i middelalderen. Ved begynnelsen av 1500-tallet hadde kirken over tjue sidealtre. Hanseatenes epoke av glans og velstand fremmes i verdifulle kunstverk takket være Europas største kunstsentre. Mest kjent er verkene av Lübeck-mestrene fra den sene middelalderen – Bernt Notkes Danse Macabre og den fortreffelige altertavlen fra Hermen Rodes verksted, som fortsatt vises i kirken i dag. Du kan fortsatt se den syvarmede lysestaken i messing som står nesten fire meter høy (en av verdens største), som ble donert til kirken på begynnelsen av 1500-tallet.
